Según la tradición, habría sido el mismo Hernán Cortés quién habría trazado el diseño para la construcción del Convento Francisano de Santa María Atlihuetzia, cuya edificación comenzó hacía 1525, y ante la evidencia de diferentes materiales presentes a simple vista, se denota que fue hecho en diferentes etapas, tardando el resto del siglo XVI para su culminación.

Originalmente el conjunto constaba de nave principal o iglesia con coro y sotocoro, torre, capilla abierta, claustro, celdas, huerto, capillas posas y otras dependencias domésticas. Actualmente se llevan a cabo ceremonias religiosas en la capilla abierta.