Con la entrada en vigor del Nuevo Sistema de Justicia Penal (NSJP), la Procuraduría General de Justicia del Estado (PGJE) tendrá un nuevo paradigma orgánico, toda vez que ahora la dependencia contará con una Subprocuraduría de Operaciones, directores de Departamento, jefes de Unidad, Agentes del Ministerio Público, Auxiliares del MP, Especialistas en mecanismos alternativos de solución de controversias, Policía Investigadora, peritos y demás personal administrativo, técnico u operativo.

Asimismo las figuras de los servidores públicos serán transformadas a partir de las cero horas del 31 de diciembre del 2014, de Subprocurador a Subprocurador de Operaciones, Policía Ministerial a Policía de Investigaciones, y quien no cambia su denominación es la procuradora Alicia Fragoso Sánchez.

Las direcciones con base en las nuevas atribuciones se denominarán departamentos, y en algunos casos modificaran su mote como el caso de la dirección de Averiguaciones Previas que ahora se denominará Departamento de Investigación del Delito, la de Control y Litigio por Departamento de Atención Integral y de Justicia Alternativa, al igual que la Policía Investigadora.

Además se contará con las unidades de Atención a Víctimas y Testigos, Jurídica, de Visitaduría y Asuntos Internos, de Desarrollo Profesional y de Servicio Civil de Carrera, y la de Comunicación Social.

También las 17 agencias del Ministerio Público cambiarán de nombre a unidades de Investigación del Delito, y simultáneamente las Averiguaciones Previas y/o denuncias pasan a ser Carpetas de Investigación.

Cabe recordar que con el Nuevo Sistema de Justicia Penal se busca que las investigaciones se lleven a cabo bajo los principios de presunción de inocencia, publicidad, contradicción, continuidad, concentración, inmediación, legalidad, imparcialidad, independencia, objetividad, unidad, buena fe, certeza, eficiencia, profesionalismo, honradez, lealtad, disciplina y siga métodos científicos que garanticen el aprovechamiento óptimo de los recursos humanos, materiales y tecnológicos.